A pesar de que en la actualidad existen algunas fuentes que afirman lo contrario, las civilizaciones antiguas tales como los babilónicos y Aztecas no utilizaron la hidroponia, si bien encontraron mejores métodos de cultivo por la constante humedad del suelo, pero la investigación y descubrimiento de las soluciones minerales para el aporte de nutrientes requeridas para cultivos hidropónicos no fueron desarrolladas hasta el siglo XIX. Los (supuestos) jardines flotantes de los Aztecas (chinampas) utilizaban tierra. Los jardines colgantes de Babilonia eran jardines supuestamente irrigados desde la azotea pero no hay evidencias de que utilizasen hidroponia.

El primer trabajo publicado sobre crecimiento de plantas terrestres sin suelo era, Sylva Sylvarum (1627) de sir Francis Bacon. Después de eso, la técnica del agua se popularizó en la investigación. En 1699, John Woodward publicó sus experimentos de esta técnica con la menta verde. Él observó que las plantas crecían peor en agua destilada que en fuentes de agua no tan purificadas. Los primeros en perfeccionar las soluciones nutrientes minerales para el cultivo sin suelo fueron los botánicos alemanes Julius Von Sachs y Wilhelm Knop en la década de los 1860. El crecimiento de plantas terrestres sin suelo en soluciones minerales (solution culture) se convirtió rápidamente en una técnica estándar de la investigación y de la enseñanza y sigue siendo ampliamente utilizada hoy.

Esta técnica ahora se considera un tipo de hidroponia donde no hay medio inerte. En 1928, el profesor William Frederick Gericke de la Universidad deBerkeley, en California fue el primero en sugerir que los cultivos en solución se utilizasen para la producción vegetal agrícola. Gericke causó sensación al hacer crecer tomates y otras plantas y consiguiendo que alcanzasen un tamaño notable en su patio trasero en  soluciones minerales, mayores que las cultivadas en tierra. Por analogía con el término geopónica (que significa agricultura en griego antiguo) llamó a esta nueva ciencia hidroponia en 1937, aunque él afirma que el término fue sugerido por el Dr. W.A. Setchell, de la Universidad de California de hydros (regar) y ponos (trabajo).

Los informes sobre este trabajo y las fervientes afirmaciones de Gericke de que la hidroponia revolucionaría la agricultura de las plantas provocaron un alud de peticiones de información adicional. Gericke rechazó revelar sus secretos porque él había realizado los estudios en su casa y en su tiempo libre. Este hecho (negarse a revelar todos los datos) provocó su salida de la universidad de California. En 1940, escribió el libro, Complete Guide to Soilless Gardening (Guía Completa del Cultivo sin Suelo).

Y definitivamente ya existen muchas evidencias de que la técnica funciona y con excelentes resultados, dado que cada día se profundiza sobre los requerimientos de las plantas para obtener su máximo potencial productivo, ya que por ejemplo podríamos tener la mejor solución nutritiva, pero si a la planta no le proveemos una la cantidad de luz necesaria, no será productiva.

Asi pues un ejercicio detallado de la hidroponia supone conocer más que solo la nutrición de la planta.